دخلت اليوم الثلاثاء 23 مارس 2010 أزمة موقع إسلام أون لاين منعطفا خطيرا بعد قرار وزير الشئون الإجتماعية القطري إقالة مجلس إدارة جمعية البلاغ القطرية المسيرة للموقع التي يرأسها الشيخ د.يوسف القرضاوي وتعيين مجلس إدارة مؤقت.. وبدأت الأزمة مع قيام اثنين من أعضاء مجلس الإدارة السابق، وهم د.إبراهيم عبد الله الأنصاري وعلي العمادي، بإنتهاج سياسات في إدارة الموقع لم يرضى عنها الشيخ، شملت عزل قيادات الموقع توفيق غانم وهشام جعفر ومحمد زيدان وتحويلهم إلى مناصب استشارية، والإعلان عن سياسة تحريرية جديدة للموقع تجعله أقرب للمواقع الدعوية التي لا علاقة لها بمجالات الحياة المختلفة من ثقافة وإقتصاد وحياة إجتماعية، وهو ما أعتبره الشيخ إنقلابا على المنهج الوسطي للإسلام الذي قامت عليه فكرة الموقع، فقام بعزلهم من مناصبهم وتعيين مريم الهاجري صاحبة فكرة انشاء الموقع ومريم آل ثان في مناصبهما.